中药专业开办于1992年，是国家中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业、山东省中等职业学校品牌专业、山东省中药现代学徒制试点专业、山东校企合作一体化办学示范院校、济宁市级示范专业。牵头编写山东省中等职业学校中药专业教学指导方案；2015年联合济宁医学院开办中药学专业“3+4”对口贯通分段培养本科试点。目前中药专业为山东省级教学团队。拥有专任教师25名，其中济宁市名中医药专家1名，山东省职业教育青年技能名师培养计划1人。重视科研工作，开展省级重点教改课题1项，国家局级课题1项。本专业建成曲阜中医药博物馆，拥有中药鉴定、中药制剂、中药炮制、中药调剂实训室等19个实验实训室，实训设备总值达660万余元。毕业生主要从事于医院、药店、药厂、医疗营销、基层医疗机构等岗位工作。学校重视实践技能培养，定期举行学生技能比赛，形成以赛促学，以赛促教的良好氛围。2012年、2013年、2015年先后有6名学生参加全国职业院校技能大赛中职组中药传统技能大赛，获得1金、2银、3铜的好成绩，其中2013年6月国赛荣获一等奖。